Die Stücke, welche die Sammlung des Museums von Ancón bilden, stammen sowohl aus archäologischen Rettungsarbeiten, die in den 1960er und 1970er Jahren in der vorspanischen Nekropole von Pasamayo und der Nekropole von Ancón durchgeführt wurden, als auch aus später auf diesen Fundplätzen durchgeführten Ausgrabungen, dank der Intervention der Schirmherrschaft des Museums und der kulturellen Aktivitäten von Ancón.

Das aus den genannten Forschungen und Schenkungen stammende archäologische Material wird gegenwärtig vom Museum zu Austellungs- und Forschungszwecken betreut. Um diese Ziele erfüllen zu können, ist das Museum von Ancón eines der ersten, welches auf ein komplettes Inventar und eine digitale Katalogisierung aller vom Museum betreuten Kulturgüter zählen kann.